Учредителем Учреждения и собственником его имущества является Ставропольский край.
Учреждение находится в ведении министерства здравоохранения Ставропольского края, которое осуществляет функции и полномочия Учредителя учреждения.
Министерство имущественных отношений Ставропольского края исполняет полномочия исполнительного органа Ставропольского края по управлению государственным имуществом Ставропольского края.
Руководство ГБУЗ СК «ГКП № 1» г. Ставрополя осуществляет главный врач.